Pendidikan dan pengajaran di Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam (PAI) UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon diselenggarakan dengan pendekatan yang mengintegrasikan nilai-nilai keislaman, penguasaan teori pendidikan, dan pemanfaatan teknologi digital. Proses pembelajaran dirancang untuk membentuk lulusan yang memiliki kompetensi akademik, spiritualitas yang kuat, serta kepekaan terhadap dinamika sosial dan tantangan global dalam bidang pendidikan agama Islam.

Setiap mata kuliah dalam kurikulum didesain untuk mengembangkan tiga ranah utama: penguasaan konseptual tentang pendidikan Islam, keterampilan berpikir kritis dan analitis terhadap realitas pendidikan keagamaan, serta kemampuan merumuskan solusi berbasis nilai-nilai Islam dan pendekatan ilmiah. Mahasiswa diarahkan untuk tidak hanya memahami teori pendidikan, tetapi juga mampu mengaplikasikannya dalam konteks pendidikan formal, nonformal, dan digital.

Didukung oleh dosen-dosen tetap (home base) yang memiliki latar belakang akademik mumpuni dan pengalaman riset yang luas, pengajaran di Prodi S3 PAI berlangsung dalam suasana yang dialogis, kolaboratif, dan transformatif. Mahasiswa diberikan ruang untuk mengembangkan gagasan, melakukan eksplorasi kajian pendidikan Islam, serta menyusun tesis yang menjadi kontribusi ilmiah terhadap pengembangan ilmu dan praktik pendidikan Islam.

Melalui sistem pengajaran yang adaptif dan berorientasi pada mutu, Prodi S3 PAI UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon berkomitmen untuk menghasilkan lulusan yang siap menjadi pendidik, peneliti, pemikir, dan pemimpin perubahan dalam dunia pendidikan Islam di era digital.